Однако оказалось, что не все приложения из Windows Store можно будет запустить на Windows 10 S.
Во время анонса операционной системы Windows 10 S компания Microsoft заявляла, что юзеры смогут устанавливать на эту ОС только те приложения, которые доступны в Windows Store. Сейчас в магазине были анонсированы дистрибутивы Linux Ubuntu, Fedora и SUSE, поэтому Microsoft довелось высказаться дополнительно. С анонсом нового издания было сообщено, что ОС сумеет работать с полноценными Win32-приложениями, ежели те портированы в магазин с помощью инструментов Desktop Bridge. Наличие приложений в магазине не означает автоматом, что они довольно неопасны и пригодны для запуска на Windows 10 S.
В своем блоге Microsoft передала, что есть определенны тип приложений, которые нельзя запустить на новоиспеченной редакции. К ним относятся и дистрибутивы Linux, относительно недавно появившиеся в Windows Store, и средства командной строки: Windows Console, PowerShell, а еще командные оболочки Linux, работающие в виде отдельных приложений в WSL. В особой версии «десятки» под названием Windows 10S будут поддерживаться иные ОС с открытым начальным кодом. Хотя дистрибутивы Linux и распространяются через магазин, они запускают инструменты, работающие извне песочницы UWP, из-за чего конфликтуют с концепцией Windows 10 S.
По утверждению Тернера, ОС Windows 10 S сначала нацелена на пользователей, которые не являются техническими специалистами, которые не хотят либо не нуждаются в похожем доступе.