Последние 10 лет собственной жизни он провел в тюрьме за убийство оппозиционеров.
Последний диктатор Уругвая Грегорио Альварес скончался в возрасте 91 года в тюрьме. В тюрьме же и завершилась его жизнь.
Но приговорен за содеянное в те годы он был только в 2009 г. по 37 пунктам обвинений. Он признан виновным в том, что в 1977 — 1978 годах будучи командующим сухопутными войсками, был соучастником похищения противников режима в Буэнос-Айресе и их незаконной отправки в Уругвай.
Генерал Альварес стал командующим сухопутными войсками Уругвая, одновременно возглавив военное руководство страны. Осужден на 25 лет и заключен в тюрьму за соучастие в правонарушениях по должности и соучастии в убийствах при отягчающих обстоятельствах в период военного правления в государстве.