Действия Рособрнадзора вызваны решением Дзержинского райсуда Санкт-Петербурга — тот 5 декабря частично подтвердил решение мирового судьи, до этого зафиксировавшего по требованию службы нарушение ст. 19.5 КоАП (невыполнение в срок легитимного предписания госоргана). Некоторые носили повторный характер, другими словами в случае, если служба не выявляла нарушений, ее снова присылали через 2-3 дня с задачей повторной проверки.
Университет здесь же обратился к президенту РФ Владимиру Путину, который потребовал разобраться с ситуацией у вице-премьера Ольги Голодец. Письменного ответа от Рособнадзора получено не было, однако после официального запроса университета в ведомство был получен ответ, где ЕУСПб было обозначено на 4 параграфа повторного предписания, нарушения по которым, по мнению Рособрнадзора, устранены не были. Но 7 декабря ведомство приняло решение о приостановке действия лицензии университета. В ответ вузу указали на 4 нарушения: квалификация учителей - социологов и политологов, а еще отсутствие спортзала.
Руководство университета не согласно с квалификацией нарушений, выявленных Рособрнадзором, и будет стремиться к урегулированию появившейся ситуации в кооперации с Рособрнадзором и при помощи Правительства РФ.
Кроме того, в институте напоминают, что в момент, когда Рособрнадзор обнародовал распоряжение о приостановке лицензии ЕУСПб, в интернете появились публикации, распространяющие недостоверную и порочащую репутацию ЕУСПб информацию по поводу связей Университета с зарубежными фондами, работы против интересов РФ и т. п. Содержание поступивших в Генпрокуратуру обращений позволило задействовать в проверке все контрольно-надзорные органы.
Европейский институт в северной столице заявляет о категорическом несогласии с квалификацией нарушений, выявленных Рособрнадзором, и с приостановлением действия лицензии вуза на образовательную деятельность. Были распространены сведения о том, что университет якобы связан с зарубежными фондами, ведет работу против интересов РФ и т. д.
Один из деканов ЕУ написал, что произошедшее результат тренда по борьбе с филиалами и маленькими вузами, а еще негосударственным образованием в целом.
Другой вероятной версией ректор назвал ситуацию вокруг замка Кушелева-Безбородко в центре города, который занимает институт. По располагаемой достоверной информации издания, на нем все его участники, не исключая уполномченных Рособрнадзора и Минобразования, высказались в поддержку ЕУ, так как оставшиеся претензии к вузу, в общем, не являются содержательными. В следствии 150 учителей остались без работы, а все студенты окажутся в иных учебных учреждениях. Это один из немногих русских гуманитарных университетов, чья исследовательская работа известна за пределами РФ.
«У Европейского университета в СПб остановили лицензию, хотя все требования уже были выполнены».
В институте утверждают, что комплексная проверка деятельности университета летом 2016 была вызвана жалобами Виталия Милонова и иных инициативных жителей. Следующий отчет также на все 100% принят не был.